他于1984年7月任中國科學(xué)院大氣物理研究所副所長，1988年6月任常務(wù)副所長，并兼任大氣邊界層物理和大氣化學(xué)國家重點實驗室主任，1993年7月任中國科學(xué)院大氣物理研究所所長。1986年起，他先后擔(dān)任中國氣象學(xué)會常務(wù)理事、名譽(yù)理事，1993年擔(dān)任中國環(huán)境學(xué)會理事，2001年9月當(dāng)選為國際歐亞科學(xué)院院士。

他先后參與創(chuàng)立了污染氣象學(xué)科，組織完成了十多項國民經(jīng)濟(jì)建設(shè)和國防建設(shè)工程的環(huán)境影響評價任務(wù)，為國家決策提供科學(xué)依據(jù)，并組織形成了一支具有豐富經(jīng)驗和較高學(xué)術(shù)水平的科研隊伍，為我國大氣科學(xué)事業(yè)培養(yǎng)了一批優(yōu)秀人才；主持建成北京325米氣象塔綜合探測系統(tǒng)，并作為主要負(fù)責(zé)人參加了“京津渤區(qū)域環(huán)境氣象綜合研究”和“中國西南酸雨研究”等重大科研項目；主持建成大氣邊界層物理和大氣化學(xué)國家重點實驗室，在大氣邊界層探測、邊界層物理、大氣擴(kuò)散、酸雨、大氣化學(xué)和空氣污染預(yù)報等方面取得重要成果；作為首席科學(xué)家，組織完成了中國科學(xué)院重大項目“空氣污染預(yù)報理論和方法研究”，為我國重要城市污染預(yù)報提供技術(shù)基礎(chǔ)。他曾獲全國科學(xué)大會重大科技成果獎，國家科技進(jìn)步二等獎，中國科學(xué)院科技進(jìn)步獎一等獎、二等獎等表彰和獎勵。

8884488com12月7日，中國科學(xué)院大氣物理研究所發(fā)布訃告稱，中國共產(chǎn)黨優(yōu)秀黨員、國際歐亞科學(xué)院院士、中國科學(xué)院大氣物理研究所研究員、原所長洪鐘祥同志因病醫(yī)治無效于2024年12月6日在北京逝世，享年87歲。

訃告顯示，洪鐘祥1937年3月出生于浙江省天臺縣，1950年起就讀于浙江天臺中學(xué)，1956年考入南京大學(xué)大氣科學(xué)系，1958年10月加入中國共產(chǎn)主義青年團(tuán)，1961年9月分配到中國科學(xué)院大氣物理研究所從事科研工作，1974年12月加入中國共產(chǎn)黨。